Flygbolaget menar att det måste minska sina distributionskostnader ytterligare för att klara konkurrensen mot lågprisflygbolagen på hemmamarknaden.
Enligt brittiska branschtidningen Travel Weekly var relationen mellan BA och resebyråer frostig redan innan, efter att flygbolaget för två år sedan slopade provisionssystemet och drev igenom ett komplicerat ersättningssystem för resebyråernas tjänster, så kallad sektor payments.
Men även detta system anses vara för dyrt för BA. Resebyråerna kontrar med att de ska försöka styra över försäljningen till andra flygbolag.
– Vi är extremt besvikna. Vi hade inte väntat oss det här och vi har fått väldigt lite tid att smälta beskedet, säger en företrädare för Brittiska resebyråföreningen ABTA,
För att motverka kraftiga intäktsminskningar tvingas resebyråerna kräva högre transaktionsavgifter från sina kunder.
Även Aer Lingus, en av BA:s partners i flygalliansen One World, har nyligen sänkt sin provision från 4 till 1 procent till brittiska resebyråer. Andra One World-bolag, som Qantas, Cathay, Iberia och American Airlines, ger fortfarande 4 procents provision.