Misstanken är att stödet från staten, bestående av kapitalutskott i utbyte mot nya aktier i bolaget, helt eller delvis går i strid med unionens konkurrensregler.
Stödet är en del av en plan där Italiens regering gick in för att rädda flygbolaget undan ruinens brant, förra året.
Alitalia har planerat ett kapitaltillskott på 1,2 miljarder euro i april eller maj i år och landet hoppas att kommissionens granskning ska vara slutförd innan dess. EU-kommissionen ville dock inte fastställa något slutdatum för utredningen igår, enligt TT-Reuters.