Fartyget Diamond Princess anlände till Yokohama under måndagen och på kvällen inleddes kontroller av de 2.666 passagerarna och de 1.045 personerna i besättningen. Avfärden kommer nu att försenas i minst ett dygn.
Alla kommer att stanna ombord fram till att resultaten är klara.
Den 80-årige tidigare passagerare som klev av fartyget i Hongkong den 25 januari och sedan visat sig vara sjuk ska inte ha sökt vård ombord.
”Enligt sjukhuset där han befinner sig är hans tillstånd stabilt och ingen infektion har konstaterats bland hans familjemedlemmar som rest med honom”, skriver arrangören Carnival i ett uttalande.
Fartyget hade redan genomgått ett karantänförfarande i lördags vid en hamn i Naha, även det i Japan. Då fick passagerarna tillstånd att gå i land.
Sedan i lördags har Japan stoppat utländska medborgare som nyligen varit i provinsen Hubei och även människor med pass som utfärdats där. Landet har flugit fler än 500 medborgare från staden Wuhan i provinsen, där viruset började spridas.
