Flygtornet tog emot hotet i form av ett sms medan planet och dess 122 passagerare var på väg mot sin slutdestination, huvudstaden Jakarta, uppger myndigheterna.
Flighten hade startat i den östliga indonesiska staden Ambon, skriver TT.
Planet genomsöktes av en särskild bombgrupp efter nödlandningen. Enligt det indonesiska transportdepartementets talesperson J A Barata är det inte känt om gruppen har hittat något.
Batik Air är del av Lions Group som driver Indonesiens största lågprisflyg Lion Air.
