Det rör sig om fem Airbus A380, som i vissa konfigurationer kan ta upp till 615 passagerare. Destinationerna uppges vara Jidda, Manchester, Paris, London och Frankfurt, enligt TT.
Trafiken markerar en försiktig återstart efter att luftrum i regionen stängts i samband med USA:s och Israels attacker mot Iran – och Irans efterföljande motangrepp – vilket orsakat omfattande störningar i flygtrafiken.
Emirates uppmanar resenärer att inte ta sig till flygplatsen utan bekräftelse om ombokning.
Samtidigt meddelar Qatar Airways, med nav på Hamad International Airport, att luftrummet över Qatar fortsatt är stängt. Bolaget väntas lämna ny uppdatering under onsdagen.