Den 14 december är sista dagen som kommission utbetalas.
– Vi är tacksamma för den service som resebyråerna ger vår passagare, och vi har väntat extra länge med det här beslutet för att alla resebyråer, stora som små, skulle kunna anpassa sig till det nya systemet, säger Southwest vd Jim Parker.
Han räknar med att flygbolaget sparar 40 miljoner dollar årligen på nollprovisionen.
Under det tredje kvartalet i år kom 55 procent av Southwests intäkter från on-linebokningar, medan resebyråerna stod för 15 procent.