Strejken kommer samtidigt som den stora säkerhetskonferensen MSC 2023 hålls i München. Ett möte som brukar samla världsledande politiker och företag. Men vissa undantag kommer att beviljas säger Münchens flygplats i ett uttalande.
Strejken pågår i 25 timmar från fredag till natten mot lördag. Även Frankfurt, Hamburg, Stuttgart, Dortmund, Hannover och Bremen drabbas.
Det är de landanställdas fackförening Verdi som varslat om strejken efter en strid med den lokala regeringen om lönerna. Facket kräver löneökningar på 10,5 procent eller minst 500 euro per månad för runt 2,5 miljoner offentligt anställda.
Strejken kommer bara dagar efter att ett IT-haveri ledde till att Lufthansa drabbades av inställda flyg och förseningar efter kabelbrott under byggarbeten på Frankfurts flygplats.